Para el Torneo Finalización llega Carlos Valderrama como director deportivo del equipo, Junior termina 13 con 18 puntos, camiseta del valencia 24/25 quedando eliminado del certamen. Carlos Bacca logra coronarse goleador de la Copa Colombia con 11 goles, 4 más que su más cercano perseguidor Jorge Enrique Vargas (Atlético de la Sabana). El Getafe C. F. juega en este estadio desde el 30 de agosto de 1998, fecha en la que el equipo jugó su primer partido contra el Talavera Club de Fútbol, aunque la inauguración oficial se produce unos días más tarde, el 2 de septiembre, con un partido triangular que contaría con la presencia del Club Atlético de Madrid, Borussia Dortmund y Feyenoord de Róterdam. En el partido de Barranquilla el resultado fue 0-0. En el partido de Manizales, Once Caldas vence a Junior 1-0. Junior así obtenía su quinto subtítulo. Junior terminó líder del grupo B con 12 puntos (3 más que Deportivo Pereira) clasificando a la Final, donde enfrentaría a Once Caldas. En esa instancia, queda en el grupo A junto a Deportivo Cali, Once Caldas y América, terminando segundo con 10 puntos (1 menos que el líder Deportivo Cali) quedando eliminado del torneo.
El equipo llegó a ser 2.º tras la 12.ª jornada, y aguantó en el 4.º puesto hasta la 25.ª jornada, pero el equipo fue de más a menos y las últimas nueve jornadas fueron terribles con una victoria, tres empates y cinco derrotas. Tuve que empollarme una pila de libros sobre historia, reglas y técnicas de fútbol. Siendo esta su peor campaña en toda su historia, camisetas de futbol replicas en el profesionalismo. En el Torneo Finalización, Junior termina octavo con 25 puntos (9 menos que el líder Deportivo Cali) clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. Junior termina sexto con 27 puntos (11 menos que el líder Independiente Medellín, clasificando a los cuadrangulares semifinales, donde después del sorteo queda ubicado en el grupo A junto a Independiente Medellín, Deportivo Pereira y Real Cartagena. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior quedó en el grupo B junto a Deportivo Pereira, Millonarios y Centauros de Villavicencio. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior quedó en el grupo B junto a América, Pereira y Deportivo Cali, terminando tercero con 7 puntos y quedando eliminado del torneo. En el Torneo Finalización, Junior clasifica a los cuadrangulares semifinales, octavo con 28 puntos. En el Torneo Apertura 2003, Junior termina sexto con 28 puntos clasificando a los Cuadrangulares Semifinales.
A principios de 2008 Junior se vio amenazado por el descenso por lo que contrató a Giovanni Hernández como principal contratación, y trajo de vuelta a Hayder Palacio (quien había jugado el último año en el Deportivo Cali) para el Torneo Apertura. El baloncesto se convirtió en su principal y única actividad en los años 1940, momento en el que se fijaron los característicos colores verde y negro. Para el Torneo Finalización, Junior contrata al portero Luis Estacio como principal refuerzo. También Junior fue campeón del torneo amistoso Copa Cotton USA, realizada en Medellín como homenaje a los 10 años de la muerte de Andrés Escobar. Así, el combinado nacional acababa como campeón de grupo. Fue victoria para el verdolaga por 2-3, y se consagró campeón del certamen. Al acabar este torneo sale del equipo Omar Sebastián Pérez. Para el Torneo Finalización, Junior contrata al experimentado volante Freddy «Totono» Grisales.
En los cuadrangulares, Junior queda ubicado en el grupo B junto a Tolima, Nacional y Medellín. En la Copa Colombia termina líder del grupo A con 20 puntos, 1 más que el Unión Magdalena, clasificándose a la segunda fase. Al final del campeonato salen el portero uruguayo Adrián Berbia, así como los delanteros Martín Arzuaga y Emerson Acuña. Suplentes: Adrián Berbia, Brayner García, Jaider Romero, Frank Pacheco, Martín Arzuaga. ↑ Nolla, Santi (11 de enero de 2011). «Seis azulgrana forman el Once Ideal de la FIFA del 2010». Mundo Deportivo. Para la Copa Libertadores 2011 se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viafara, José Amaya, Sherman Cárdenas, Sergio Otalvaro, y Juan David Valencia, además del reciente goleador de la Primera B, Luis Páez. Por la Copa Colombia 2011 el equipo termina líder del grupo A con 21 puntos, 1 más que su escolta Valledupar clasificando a los octavos de final a disputarse al siguiente semestre. Quique Pina tiene relaciones con la familia Pozzo, dueña del Udinese italiano, quien consigue jugadores para cederlos y venderlos.
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