La Confederación Brasileña de Fútbol subastó en 2009 un ejemplar de la final autografiado por el plantel campeón. Con este finísimo extremo derecho, llegó a la plantilla el primer campeón de España. En el 2015 Vivo por Los Andes, el medio más importante que tiene hoy el club saco el DVD «Los Andes Campeón 2014», donde se muestra toda la campaña del «Milrayitas» hasta el ascenso. Esa campaña del Atlético terminó con 10 victorias, 18 empates y 18 derrotas; 52 goles a favor y 69 en contra, y la tristeza más grande que hasta ese momento vivía la hinchada amarilla. Fue cuestionado porque no practicaba un fútbol vistoso, pero ese fue a la postre un equipo sensato y auténtico, que jugaba acomodando el libreto a las características de sus jugadores. Durante el semestre el equipo tuvo un rendimiento irregular manteniéndose en posiciones de media tabla dentro del grupo de clasificación, pero en la fecha 17 perdió un trascendental partido contra Real Santander cayendo a la posición 9, lo que provocó la renuncia del Presidente Óscar Córdoba.
Leopardo y culminó en empate a un gol en un dramático partido disputado en Armenia, el 14 de diciembre, en el que Bucaramanga logró el cupo a la final con gol de Orlando Ballesteros en el último minuto del partido, ya en tiempo de reposición. Este último envió un centro medido que Miguel Montañez conectó de cabeza para enviarla al palo izquierdo de Aguirre; el portero logró desviar en una volada espectacular y haciendo honor a su ‘remoquete’, ‘El Fantasma’ Ballesteros apareció de la nada y de soberbio derechazo anotó el gol más importante en la historia del Atlético Bucaramanga. En julio de 2013 el Tribunal Administrativo de Santander al resolver una apelación a una Acción Popular fallada por el Juzgado Primero de descongestión de Bucaramanga ordenó el cierre para el público del Estadio Alfonso López, el Coliseo Vicente Díaz Romero y las piscinas olímpicas al considerar que no existían garantías de seguridad, por lo que el equipo debió buscar una sede alterna para enfrentar el segundo torneo de 2013 pues Alianza Petrolera no dio el aval para jugar en el Estadio Álvaro Gómez Hurtado de Floridablanca.
En 2006, el 16 de diciembre, se inauguró la nueva cancha sintética del Estadio Alfonso López y para ello se organizó un partido amistoso con el Club Olimpia de Paraguay. El primer partido disputado por la sección fue el 10 de enero de 1925 frente al Athletic Club de Madrid. La eliminatoria se disputó a doble partido entre los días 3, 4 y 5 de enero, los encuentros de ida, y 10, 11 y 12 de enero de 2012, los de vuelta. Desde finales de la década de 1990 la selección andaluza ha disputado encuentros con una mayor regularidad, disputando la mayoría de sus encuentros durante el periodo de Navidad, camiseta de la roma en el que la Liga española se detiene por vacaciones. A partir de ello, Entropy Studio creó y desarrolló el «sinfín» que pudo observarse en pantalla durante el periodo de pruebas. Durante el primer torneo el desempeño del equipo fue intrascendente.
Finalmente, la presión de gobernación, periodismo deportivo y aficionados obligó al dueño en ese entonces, Luis Fernando Yepes a vender el equipo a la familia Cadena Mora. Finalmente, debido a los malos resultados deportivos y el ambiente hostil de periodistas y aficionados, Fernando Velasco y la junta directiva del equipo llegaron a un acuerdo de desvinculación contractual, lo cual se expresó a la opinión pública mediante un comunicado. Tiberio Villareal Ramos, quien intentó armar un equipo con una nómina sobresaliente bajo la dirección de Víctor Pignanelly. En esta década se recuerdan jugadores nacionales y extranjeros de renombre que vistieron la camiseta leoparda, junto a una generación excepcional de jugadores santandereanos entre quienes se cuentan Jhon Fredy Van Stralhem, Oscar Upegui, Eugenio Uribe, Ricardo García, Elías Correa, Luis Gabriel Rey, Dúmar Rueda y Robert Villamizar. Este equipo lo integraron Guillermo Rodolfo Guarnieri, Arturo Reyes, José Fernando Salazar, Ricardo García, Miguel Montañez, Oscar Upegui, Juan Carlos Alarcón, Dumar Rueda, Néstor Salazar, Jairo Martínez, Jhon Alex Rodríguez, Jorge Ernesto Ramoa, Jairo «Tigre» Castillo, Vladimir Campo, Jesús «Kiko» Barrios, entre otros. El equipo dirigido por Alexis García, formó ese 20 de diciembre de 2001 con Leonel Rocco, Hernán Andrés Sarmiento, César Vásquez, Oscar Upegui, Edwin Calle, Andrés Estrada, Oyié Flavié, Néstor Cuadros, Blaimir Ambuila, Felipe Rivas y Wilson Nuñez.